Новосибирский институт биоорганической химии СО РАН был организован 1 апреля 1984 года на базе Отдела биохимии Новосибирского института органической химии СО РАН (НИОХ), руководимого академиком Д.Г. Кнорре. Переименован согласно Постановления Президиума РАН от 8 апреля 2003 г. в Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН. Коллектив института был сформирован из исследователей, работающих в области химии и биохимии нуклеиновых кислот и ферментов метаболизма нуклеиновых кислот.
В 60-х годах был сформулирован принцип направленной химической модификации нуклеиновых кислот реакционноспособными производными олигонуклеотидов. Работы в этой области стали интенсивно развиваться в нашем Институте. Проведены детальные исследования внутрикомплексных процессов в дуплексах, образованных нуклеиновыми кислотами и производными олигонуклеотидов. Действие различных адресованных реагентов испытано на клетках и живых организмах. Из этого направления отпочковалось направление по изучению с помощью реакционноспособных производных олигонуклеотидов и тРНК функциональной топографии рибосом, а в последнее время сделаны первые шаги в направлении изучения структуры хроматина.
В 80-е годы начались исследования структуры нуклеиновых кислот: была установлена последовательность геномной РНК вируса клещевого энцефалита, а затем ряда генов эукариот. В настоящее время ведутся работы по исследованию генома человека.
В Институте интенсивно исследуются ферменты метаболизма нуклеиновых кислот. Эти работы начались с изучения ферментативного аминоацилирования тРНК, затем начали развиваться исследования РНК-полимеразы из Escherichia coli и далее ДНК-полимеразы, обратной транскриптазы ВИЧ-1 и ферментов репарации. Многие из этих исследований (рибосомы, ДНК-полимераза aльфа, большая часть ферментов репарации) ведутся на материале из организма человека (плацента, клетки HeLa).