Новосибирский институт органической химии (НИОХ) был создан 27 июня 1958 года в составе Сибирского отделения Академии наук СССР согласно постановлению Президиума Академии наук СССР № 395. Директором-организатором института был выдающийся химик-органик академик Николай Николаевич Ворожцов-мл. (06.06.1907 г. – 24.05.1979 г.).
Его имя носит Институт в настоящее время.
Основное направление работ Н. Н. Ворожцова – химия и технология соединений ароматического ряда. Основоположник химии полифторароматических соединений в СССР, автор более 200 научных статей и 70 патентов, лауреат Государственной премии СССР, создатель научной школы, среди его учеников академики, члены-корреспонденты и более 60 докторов и кандидатов наук.
Научные направления института были сформулированы довольно широко и охватывали большие и самостоятельные разделы органической химии - химии ароматических, гетероциклических и природных органических соединений. С самого начала научная программа Института формировалась по принципу проведения полного цикла от изучения механизмов органических реакций и целенаправленного синтеза новых веществ или выделения их из природных объектов до создания новых материалов и препаратов. Такой системный подход к созданию основных научных направлений - «от научного результата к практическому использованию» - был заложен в самой структуре института при его создании и во всех последующих её изменениях. Структура института, утвержденная постановлением Президиума АН СССР от 12 декабря 1958 г., включала в себя четыре отдела, в каждый из которых входило от трёх до четырёх лабораторий: теоретический отдел, отдел высокомолекулярных соединений, отдел органического синтеза и отдел природных соединений. В соответствии с этим в 1959-1960 гг. были организованы следующие лаборатории:
- природных физиологически активных веществ (зав. лабораторией Н. Н. Ворожцов),
- синтеза физиологически активных веществ (В. П. Мамаев),
- крашения высокомолекулярных соединений (Е. П. Фокин),
- изучения механизмов органических реакций методом меченых атомов (В. А. Коптюг),
- природных полимеров (Д. Г. Кнорре),
- галоидных соединений (Г. Г. Якобсон),
- аналитическая (Л. Н. Диакур).
В 1962 году из химико-металлургического института СО АН СССР в НИОХ была переведена лаборатория лесохимии (В. А. Пентегова). Ученым секретарём института был назначен к.х.н. Е. П. Фокин, а с 1960 г. – Л. К. Козачок, заместителем директора по научной части – к.х.н. В. П. Мамаев. В первые же годы были созданы группы физических методов исследования, научно-техническая библиотека, а также необходимые научно-вспомогательные подразделения (КБ, экспериментальные мастерские, фотолаборатория и др.). Для разработки новых технологий и получения химических веществ в масштабах пилотных установок в 1962 г. было введено в эксплуатацию опытно-химическое производство (А. Г. Хмельницкий).
Н. Н. Ворожцов оставил пост директора по болезни в 1975 году. К этому времени сложились основные научные направления, выполнен ряд приоритетных научно-исследовательских работ, а также технологических и конструкторских разработок, нашедших практическое использование; защищено 9 докторских и 104 кандидатских диссертаций; Н. Н. Ворожцов был избран академиком, а В. А. Коптюг, Д. Г. Кнорре и В. П. Мамаев – членами-корреспондентами АН СССР. На базе лаборатории природных полимеров под руководством Д. Г. Кнорре был организован отдел биохимии, который в 1984 году послужил основой для создания Новосибирского института биоорганической химии СО РАН. В 1971 г. по инициативе и под руководством В. А. Коптюга были организованы отдел физической органической химии и Научно-информационный центр по молекулярной спектроскопии, ориентированный на создание спектральной библиотеки и, на её основе, информационно-поисковых систем для решения структурных задач в органической химии.
В 1975 – 1987 гг. директором Института был член-корр. АН СССР Владимир Петрович Мамаев (30.11.1925 – 01.02.1987 г.) - крупный химик-органик, специалист в области химии гетероциклических соединений, автор более 300 научных статей и 44 патентов. Под его руководством защищено 17 докторских и кандидатских диссертаций.
В 1987 году директором Института стал ученик Н. Н. Ворожцова , выдающийся ученый-химик, академик Валентин Афанасьевич Коптюг (09.06.1931 г. – 10.01.1997 г.), являвшийся одновременно Председателем Сибирского отделения и вице-президентом РАН. Его основные научные направления связаны с изучением механизмов реакций ароматических соединений и молекулярных перегруппировок с участием карбониевых ионов, а также с использованием ЭВМ для решения структурных задач органической химии. В. А. Коптюг - автор более 330 научных статей, 40 патентов и большого числа публицистических работ; под его руководством защищено более 50 докторских и кандидатских диссертаций. Лауреат Ленинской премии и Международной премии им. А. П. Карпинского, Герой Социалистичес-кого труда, Почётный гражданин г. Новосибирска. В. А. Коптюг занимал должности президента ИЮПАК, вице-президента Научного комитета по проблемам окружающей среды Международного Совета научных союзов, члена Консультативного совета высокого уровня по устойчивому развитию при Генеральном секретаре ООН. По его инициативе в 1989 г. в Институте были начаты работы по химическим аспектам экологических проблем, создана исследовательская группа (позднее лаборатория) и специализированная библиотека по этой тематике. В 1992 г. в институте создается и успешно функционирует Центр международ-ной научно-технической сети STN International. Большое внимание уделялось комплексному использованию дорогостоящего оборудования и интеграции специалистов различных направлений, с этой целью в 1995 г. в Институте создается Центр коллективного пользования по анализу органических соединений и материалов, Аккредитованный испыта-тельный аналитический центр, а в 2004 г. – Химический сервисный центр коллективного пользования СО РАН.
В 1997 – 2002 гг. директором Института был академик Генрих Александрович Толстиков – известный химик-органик, специалист в области синтетической органической химии, металлокомплексного катализа, химии природных соединений, автор более 1000 научных статей, 9 монографий, более 500 авторских свидетельств. Под его руководством защищено более 100 докторских и кандидатских диссертаций. Г. А. Толстиков – лауреат Государственных премий СССР и РФ, Научной Демидовской премии. В 2001 г. по его инициативе создается лаборатория фармакологических исследований, на базе которой организовано токсико-фармакологическое отделение ЦКП «Химический сервисный центр». В 2002 г. Г. А. Толстиков по Постановлению Президиума СО РАН создал структурный Отдел химии природных и биологически активных соединений, состоящий из лаборатории лесохимии и природных биологически активных соединений, лаборатории медицинской химии, лабора-тории фармакологических исследований и группы советника РАН.
В 2002 г. директором Института избран д.х.н., профессор Игорь Алексеевич Григорьев, известный специалист в области синтетической и физической органической химии. Его основные исследования посвящены разработке новых подходов к синтезу и изучению химических и физических свойств нитроксильных радикалов и нитронов, их практическому применению. И. А. Григорьев – профессор кафедры органической химии НГУ, лауреат Государственной премии РФ в области науки и техники, автор более 200 научных статей, обзоров и монографий. Под его руководством защищено 8 кандидатских диссертаций.
В настоящее время в институте работает 378 сотрудников, включая 132 научных сотрудника (1 академик, 23 доктора и 95 кандидатов наук). Научная продукция института – это около 5500 статей, 54 монографии и более 100 атласов спектров и различных указателей по спектральным характеристикам органических соединений.