История Института начинается за много лет до его формального рождения в 1945 году, когда он получил название «Институт физической химии». Фактически Институт родился 70 лет тому назад, когда он имел название «Коллоидо-электрохимический институт». Первым его директором был академик В.А.Кистяковский – выдающийся ученый в области коллоидной химии, электрохимии и коррозионных процессов.
Еще раньше, до рождения Института, в 1929 году в Академии наук была организована Коллоидо-электрохимическая лаборатория. Организация этой лаборатории была поручена академику В.А.Кистяковскому. Он то и заложил базу, на которой вырос наш Институт.
В 1957 году Отдел электрохимии, руководимый академиком А.Н.Фрумкиным, выделился из состава Института и стал самостоятельным Институтом электрохимии Академии наук. В 2005 году история вернулась «на круги своя» и произошло воссоединение институтов Физической химии и Электрохимии.
В августе 2008 г. по Постановлению Президиума РАН от 18 декабря 2007 года № 274 «О переименовании организаций, подведомственных Российской академии наук» Институт физической химии и электрохимии им. А.Н. Фрумкина Российской академии наук переименован в Учреждение Российской академии наук Институт физической химии и электрохимии им. А.Н.Фрумкина.
Сегодня Институт продолжает активно развиваться, реагируя на перемены, происходящие в науке в целом и в физической химии в первую очередь. Исследования в разных направлениях сегодня возглавляют академики Н.П. Алешин, И.П. Белецкая, Е.Н. Каблов, И.И. Моисеев, Б.Ф. Мясоедов, А.И. Русанов, П.Д. Саркисов, Ю.Д. Третьяков и А.Ю. Цивадзе, члены-корреспонденты РАН Л.Б. Бойнович, Б.Г. Ершов, Е.А. Гудилин, И.В. Мелихов, В.Г. Систер, И.Г. Тананаев, А.М. Чекмарев, Ю.А. Чизмаджев.
