Современная химия




Еще один способ ускорить секвенирование ДНК

еще один способ ускорить секвенирование днк

Благодаря новой методике, позволяющей контролировать скорость движения нитей ДНК сквозь нанопоры «считывающего» белка в будущем может быть разработана новая дешевая методика секвенирования нуклеиновых кислот.

Разработка, авторами которой являются исследователи из группы Реза Гадири (Reza Ghadiri) из Исследовательского Института Скриппса решили фундаментальную проблему, которая ограничивала применение и разработку секвенирования ДНК с помощью нанопор. Эта проблема заключалась в том, как добиться достаточно медленного движения нитей ДНК через поры белка – скорость, которая необходима для этого метода секвенирования, должна позволять считывание молекулы ДНК по принципу «нуклеотидная пара за нуклеотидной парой».

Идея секвенирования ДНК с помощью пористых белков была ранее сформулирована Хаганом Бэйли (Hagan Bayley) из Оксфорда и выглядит достаточно простой в плане формулировки принципа. Бэйли предложил следующее: каждая нить ДНК помещается в пору белка, на эту же пору подается электрический ток, при этом по изменению силы тока можно судить о том, какое конкретно азотистое основание в данный момент располагается в поре.

В теории расшифровка амперограммы позволит определить последовательность нуклеотидов в молекуле нуклеиновой кислоты. Однако же на практике до настоящего времени скорость «протяжки» нуклеиновой кислоты была слишком высокой для того, чтобы давать возможность определять индивидуальные нуклеотиды – фиксировалась лишь «усредненная» картинка.

Гадири модифицировал предложенный Бэйли метод, решив присоединить фермент-полимеразу к одному из концов нити ДНК (этот фермент используется природой для превращения одиночных цепей ДНК в двойную спираль во время процесса репликации). Во время работы он перемещается по нити ДНК, обеспечивая постепенное спаривание азотистых оснований, одновременно медленно протягивая нить ДНК через пору нуклеотид за нуклеотидом. Такой скорости движения нити через пору оказывается вполне достаточно для того, чтобы идентифицировать индивидуальное азотистое основание электрохимическими методами. Гадири подчеркивает, что обладая свойствами двигательного белка, полимераза не просто замедляет скорость движения нуклеиновой кислоты через поры белка – она просто способствует пошаговому прохождению азотистых оснований через белок.

Бэйли, работающий совместно с Гадири (но не являющийся соавтором модификации, описанной выше) отмечает, что использование фермента является наглядным примером того, что ДНК может протягиваться через пору белка только под действием фермента не требующем постоянного добавления дополнительных реагентов, разработанная система может вполне считаться шагоми вперед к разработке новых методов секвенирования нуклеиновых кислот.

Гадири заявляет, что в его группе уже идет работа над новым поколением системы секвенирования, в которой ДНК-полимераза будет скомбинирована с технологией Бэйли, позволяющей считывать информацию о ДНК по электрохимическому поведению поры, через которую она проходит.

 


Читайте:


Добавить комментарий


Защитный код
Обновить

Новинки полимеров:

БИОКАУЧУКИ LANXESS

News image

Сейчас, после того как LANXESS, крупнейший мировой производитель синтетического каучука, инвестировал 17 миллионов долларов США в первоначальное пуб...

СИЛИКОНОАКРИЛАТНЫЕ АДГЕЗИВЫ

News image

Одним из способов образования связей с пластмассовыми подложками с очень низкой энергией поверхности является осуществление реакций с участием или в...

ПОЛИМЕРНЫЕ МАТЕРИАЛЫ ДЛЯ ПОВЫШЕНИЯ ЭНЕРГОЭФФЕКТИВНОСТИ ЖКХ

News image

По оценкам ЦЭНЭФ, реализация энергосберегающих мер в ЖКХ может привести к экономии энергии до 70%. Повышение энергоэффективности всей отрасли ЖКХ с ...

НОВИНКИ KNAUF НА MOSBUILD 2010

News image

Продукты и технологии КНАУФ будут представлены в ЦВК «Экспоцентр» на Красной Пресне сразу на двух площадках: основном стенде в павильоне «Форум» и в...

Новые продукты оргсинтеза:

АКТИВНЫЕ ФАРМАЦЕВТИЧЕСКИЕ ИНГРЕДИЕНТЫ: компетенции Saltigo

News image

По мнению д-ра Штоля, небольшие шаги также могут способствовать достижению успеха. «Не всегда существует необходимость строительства нового завода. Производственные процессы можно усовершенствовать ...

НОВЫЕ ИНГИБИТОРЫ КОРРОЗИИ «КАЗАНЬОРГСИНТЕЗ»

News image

В августе 2010-го года в цехе 41-52 впервые в России и во всем СНГ для ОАО «Татнефть» была получена первая опытная партия нового продукта «ДОЭЭДА-70» (диоксиэтилэтилендиамина), применяемого для очис...

ПЕКТИНЫ: свойства, получение, применение

News image

Пектины классифицируют по степени метоксилирования (степени этерификации - СЭ) - отношению количества метоксильных групп –ОСН3 ко всем кислотным остаткам в молекуле. СЭ делит все промышленные ви...

Авторизация



YOU ARE HERE: Главная - Новости органической химии - Еще один способ ускорить секвенирование ДНК

Великие химики:

ВИНДАУС (Windaus), Адольф Отто Рейнгольд

News image

Немецкий химик Адольф Отто Рейнгольд Виндаус родился в Берлине. Его отец, Адольф Виндаус, происходил из семьи текстильных фабрикантов, а мать, Марга...

ДЖИОК (Giauque), Уильям Фрэнсис

News image

Американский химик Уильям Фрэнсис Джиок родился в г. Ниагара-Фоле, штат Онтарио, Канада, и был старшим из трех сыновей Изабеллы Джейн Джиок (в девич...

Институты химии:

Институт органического синтеза им. И. Я. Постовского

News image

Институт органического синтеза им. И. Я. Постовского Уральского отделения РАН (ИОС УрО РАН) создан постановлением Президиума РАН от 29

Институт геохимии и аналитической химии им.В.И.Вернадского

News image

В первые годы после войны Институт занимался проблемами атомной энергетики. Принимал участие в аналитическом обеспечении технологических процессов п...